據《琉球新報》報道，目前那霸國際機場而解除民航班機升降管制，但現場將於何時恢復正常起降，仍有待通知，大批旅客滯留機場，部份航班改飛鹿兒島及宮崎機場，成田機場亦指有3班航班需要折返。
受事件影響，機管局表示，截至今早十時，目前有兩班由香港出發沖繩的航班需要折返，目前已安全降落香港，將在下午再度出發前往沖繩，而原定11:30起飛往沖繩之航班則延遲至下午。
雖然台灣今早發生地震，但目前往返香港至台北、台中、高雄航班則沒有取消。不過港航指今日有4班往台北航班，1班已正常出發，3班將有延誤。
由香港西九龍站前往廈門、潮汕、汕頭及福州之高鐵亦受影響：
已取消的車次:
由廈門出發:G3005
由香港西九龍站出發:G5612
受影響車次:
前往廈門:G3004 /G3006
前往潮汕:G6384 /G6388
前往汕頭:G6392
前往福州:G3002
國泰航空免費更改或取消來往台灣航班
國泰航空宣布，受花蓮地震影響，即日起至4月30日往返台北、台中或高雄之航班，可以免費重新訂位、更改航點或退票。
